Qua 2 cuộc kháng chiến chống Pháp và chống Mỹ, Đền - Chùa đã bị hư hỏng nặng. Thể theo nguyện vọng của bà con phật tử địa phương, năm1994, Uỷ ban nhân dân tỉnh đã cho phép tôn tạo, xây dựng lại đền - chùa Bách Lẫm trên nền cũ. Văn bia của chùa được khắc vào năm 1908 viết vềthắng cảnh của chùa Bách Lẫm như sau: “Quê ta có dòng sông Triệu Thuỷ, có rừng đào Lẫm Sơn, quả là nơi danh thắng của hạt Yên Bái cổ tích bấy nay, có đền thờ thần, có chùa phụng Phật. Song, trải sơn binh hoả, giang sơn đã lắm đổi thay”...

Chùa - Đền Bách Lẫm có thờ thần Tản Viên Sơn Thanh và các vị thủ lĩnh địa phương có liên quan đến các cuộc kháng chiến chống Nguyên - Mông, Minh, Thanh. Chùa Bách Lẫm thờ Phật giáo theo phái Đại thừa, hệ thống tượng trong Chùa có giá trị thẩm mỹ. Hàng năm, vào ngày Mão đầu năm, nhân dân trong vùng và khách thập phương đến chùa đông như trẩy hội.

       Trong lịch sử phát triển Chùa - Đền Bách Lẫm  từng là cơ sơ cách mạng trong cuộc kháng chiến chống thực dân pháp ở địa phương. Đây là nơi diễn ra nhiều hoạt động tuyên truyên vạch  trần tội ác của thực dân pháp, cổ vũ các tầng lớp nhân dân nổi dậy đấu tranh chống đế quốc phong kiến góp phần giải phóng tỉnh lỵ Yên Bái.

       Tại đây vào năm 1930, tổ chức thanh niên đoàn đã xây dựng phong trào yêu nước chống Pháp trong thanh niên, học sinh. Thanh niên đoàn thường xuyên họp ở Gò Chùa và Chùa Bách Lẫm để đọc sách, báo, tài liệu cách mạng. Đặc biệt, ngày 30/4/1931, học sinh tiêu biểu đã treo cờ đỏ, búa liềm tại cổng trường tiểu học Pháp Việt, rải truyền đơn kêu gọi nhân dân đứng lên đánh Pháp, giành độc lập tự do cho Tổ quốc.

       Ngày nay, khu di tích Chùa - Đền Bách Lẫm  còn lưu giữ nhiều hiện vật cổ có giá trị lịch sử thuộc thời kỳ văn hoá sơn vi. Đồng thời là điểm sinh hoạt văn hoá tâm linh, thu hút đông đảo bà con phật tử, nhân dân và du khách xa, gần tham gia.

       Ngày 21/5/2012, Chùa và Đền Bách Lẫm đã được công nhận di tích lịch sử văn hoá cấp tỉnh. Quy hoạch diện tích quản lý di tích rộng gần 3.000 m². Đây là điều kiện để địa phương tiếp tục kêu gọi, thu hút đầu tư nâng cấp, phát huy các giá trị di tích Chùa và Đền Bách Lẫm trong việc giáo dục, giữ gìn và tô thắm thêm truyền thống yêu nước, tinh thần dân tộc.