Từ khi hình thành, chùa đón nhận cùng lúc hai tên: Nhân dân nói chung và Phật tử nói riêng thường dùng tên dân gian để đặt cho ngôi chùa thiêng kính của mình: "Chùa Am"; còn nhà chùa, sư, tiểu và thày cung văn lại sử dụng pháp danh "Tùng Lâm Tự" một cách trân trọng.

     Trên sớ tấu và khi mở đầu kinh tụng các thượng tọa và pháp sư thường viết và niệm: "Kim nhật...tại Tùng Lâm Tự, Hội Bình Phố, Trấn An Phủ, Yên Bái tỉnh, tín chủ phu thê... đồng tử tôn hoàng gia trung...."

Chùa Ngọc Am

     Để kính ái hơn nữa chùa cảnh của mình, bây giờ bà con Phật giáo thành phố Yên Bái tái dụng tên dân gian quen thuộc nhưng thêm vào từ "Ngọc" ở đầu. Như vậy chùa chấp nhận tên kép Chùa Ngọc Am - danh xưng chính thức mới và Tùng Lâm Tự pháp danh cũ.

Ngày xuất sinh, chùa tọa lạc bên bờ sông hồng, phía Tây làng Yên Bái thuộc tổng Bách Lẫm huyện Trấn Yên phủ Yên Hóa tỉnh Hưng Hóa.

Hiện nay, chùa vẫn ở nơi cũ nhưng mang tên địa điểm mới: Phường Hồng Hà thành phố Yên Bái.

Khách thập phương xuống ga Yên Bái đi bộ hơn 1km là tới chùa.

     Cuối triều Nguyễn (thế kỷ 19 và đầu thế kỷ 20) một số nhà buôn và chủ thuyền vận tải đường sông người Việt ở Kẻ Chợ (Hà Nội), Trúc Phê (Hưng Hóa) và Bạch Hạc trở hành lên bán ở Tuần Quán, Lào Cai hoặc vận chuyển thuê khí giới, quân nhu cho quân đội Pháp thường hay cắm sào đỗ nghỉ ở bến Tuần Quán và suốt dọc sông lên tới địa đầu thành phố Yên Bái. Có người đi tiếp, có người quay xuôi theo hàng lâm sản. Ngoài họ ra còn khá đông thuyền của thương nhân Hoa Kiều cư trú tại Hà Nội hoặc phu thuyền quê quán ở Mông Tự - Mạn Hảo - Hà Khẩu (Trung Quốc) sang Việt Nam làm chân sào. Họ cũng dừng chân tại bến bãi trên.

     Để cầu bình an trong quá trình giang đài, họ góp tiền dựng "am" bằng tranh tre, nứa lá. "Am" đồng nghĩa với chùa nhỏ đơn sơ.

     Tỉnh Yên Bái thành lập (4/1900) được sự nhiệt tâm của các vị Bố chánh Bùi Bành Trần Gia Du, am được mở rộng, khang trang và có sư trụ trì.

     Chùa làm lễ thụ danh lấy tên là Tùng Lâm Tự để ghi sự việc khởi đầu rước chân nhang từ chùa Cây Thông ở huyện Trấn Yên phía dưới am 14 km lên am Yên Bái. Chùa Tùng Lâm  còn được gọi là chùa Am để kỷ niệm lễ chuyển nhập đồ thờ chân nhang ở Am Âm Hồn  phố Cao Su (nay là cuối phương Hồng Hà giáp sông) về chùa Tùng Lâm sau khi chính quyền Pháp xúc tiến việc dời nghĩa địa cũ, tọa lạc trên địa bàn phố Cao Su (chính phố Yên Thái) về khu nghĩa địa bên bờ hồ Yên Bái, nơi có mộ lãnh tụ Việt Nam  Quốc dân Đảng Nguyễn Thái Học.

     Hành đạo được ngót thế kỷ, năm 1966 chùa bị không quân Mỹ bắn phá hủy hoại, tượng, chuông và cổ vật khác đã được thu gom đưa về chùa Bách Lẫm và đền Nhị Châu. Trên khuân viên chùa chỉ còn một cây nhãn.

     Đáp ứng yêu cầu của phật tử và khách thập phương, nhà thờ thiết lập một gian thờ Tam Phủ riêng biệt và ít lâu sau lại bố trí thêm cung thờ Đức Thánh Trần.

     Nhà chùa phụng sự dân và thiện nam tín nữ là chính, không đào tạo tăng ni, nhưng cũng có một số ít người nặng "công quả" núp bóng Phật Đài, được nhà chùa bao dung, đã dốc lòng tòng đạo nên sau này trở thành các vị chân tu.

     Hai vị sư được nhân dân và cơ quan chức trách quen biết nhiều là Sư ông Hạc và Sư bà Hoàng Thị Phúc đã từng tham gia mặt trận Việt Minh, Ủy ban Liên Việt và Ủy ban Mặt Trận Tổ quốc tỉnh Yên Bái.

     Về việc đời, các vị sát cánh cùng cán bộ tích cực củng cố khối đoàn kết dân tộc nhằm đẩy mạnh cuộc kháng chiến chống giặc ngoại xâm đến thắng lợi cuối cùng. Về mặt đạo, các vị thành tâm hành lễ dịp tết Nguyên Đán đầu xuân và Quốc khánh 2/9 nguyện cầu cho đất nước "phong đăng hòa cốc", bộ đội đánh thắng quân thù, nhân dân bình an, mạnh khỏe. Tụng kinh phổ độ gia tiên, góp phần làm cân bằng, thanh thản những gia đình vướng mắc rủi ro trên đường đời.

     Phật tử và khách thập phương có thể không nhớ nổi những dòng tự trong pho kinh uyên thâm dày đặc được tụng niệm ngày đêm nhưng khó quên hai tiết lễ thật sinh động của nhà chùa: "Chạy Đàn" tiến hành trong lễ làm Chay cầu siêu bảy hoặc ba ngày cho tư gia và chúng sinh cô hồn ngày rằm tháng bảy xá tội vong nhân trước ban thờ Phật gồm: Tụng kinh do Sư già chủ trì (kinh Di Đà hoặc kinh Bát Nhã); chạy đàn tập thể theo vị sư, chạy vòng quanh, chạy đảo, chạy lượn, liên tục, gấp gáp nhưng dứt mạch.

     Chạy đàn cần đến 7, 9, 11 thành viên hoặc hơn do sư chủ lễ làm đàn trưởng quyết định. Sư dẫn đầu, vận cà sa, tay cầm phướn, kế đó là 1 - 3 phụ lễ, 2 - 5 phật tử, số còn lại là thân chủ.

     Trước và đúng hôm chạy đàn, mọi thành viên phải ăn chay để thân xác được "nhẹ siêu, tinh khiết", khi chạy đạt vận tốc "lâng lâng, bay bổng". Dòng chạy càng xoáy cuốn, vun vút càng đẹp. Quần áo không cần mới nhưng phải sạch sẽ. Tay họ cầm sách kinh, vàng hương, vàng giấy thỏi, riêng thân chủ bưng khay, trên mặt sớ tấu, áo quần (giấy) dùng cho người chết.

     Sư vừa chạy vừa đọc kinh, niệm chú, chốc chốc dừng trước bàn thờ hoặc ngưỡng thiên "bắt quyết". Chạy đàn thường làm vào hôm cuối lễ, tổ chức ban ngày hay đêm tối. Mỗi lễ đoạn dài 45 -60 phút. Nhà chùa giải thích: đường chạy đàn là đường từ cửa trần giới đến âm ty địa ngục, nơi kẻ tử bị giam cầm vì phạm tội lúc sinh thời. Con đường dài, khúc khuỷu đầy chông gai luôn bị các  quỷ sứ trấn giữ nên vị sư phải cao tay, khéo léo; lúc đi tắt đường, lúc vượt  hiểm, bình thường thì thương lượng nhẹ nhàng, cần thiết phải vận dụng pháp thuật để khuất phục. Đôi khi "đút tiền" cho quỷ sứ bằng vàng thỏi (giấy - nan nứa) rải dọc đường để chúng tranh đoạt.

     Đọc kinh Di Đà, Bát Nhã, Thập Ân, chèo thuyền sang Tây Trúc, đó là lễ danh tổ chức cuối tuần làm chay hoặc mọt ngày riền khác.

Sau khi vị sư chủ tụng niệm đủ số pho kinh và hoàn tất các thủ tục lễ nghi thì "chèo thuyền" (một ngày đêm) được triển khai.

            Chùa Ngọc Am được công nhận là di tích lịch sử kiến trúc nghệ thuật tôn giáo theo quyết định số 177/QĐ-UBND ngày 06/02/2007.